Dňa 28. júna 1991 ho v konzistóriu ustanovil pápež Ján Pavol II. za kardinála. Menovanie bolo ohlásené na všeobecnej audiencii 29. mája 1991. Ján Chryzostom kardinál Korec bol prvým predstaviteľom slovenskej cirkevnej provincie, ktorému sa dostalo vďaka osobným kvalitám takej cti, že sa stal členom kardinálskeho kolégia.
Ako emeritný biskup býval až do svojho úmrtia v Nitre. Zomrel 24. októbra 2015.
Nitrianskym biskupom bol 15 rokov (v rokoch 1990 - 2005) a jedno desaťročie bol emeritným biskupom – až do svojej smrti 24. októbra 2015. Pochovali ho na Nitrianskom hrade. V priebehu dejín bolo na čele Nitrianskej diecézy viac než 80 biskupov. Nitrianska diecéza najnovšie získala nového pomocného biskupa, stal sa ním Peter Beňo.