Námestník ministra školstva, vedy a kultúry arménskej vlády Nariné Toukhinian poznamenáva, že podpísaná dohoda neobsahuje žiadne konkrétne pokyny týkajúce sa ochrany kostolov a kláštorov. Arménska strana vyjadruje veľké znepokojenie, pretože v minulosti sa vyskytovali činy znesvätenia a zničenia tradičných arménskych krížov.
Obzvlášť znepokojujúca je strata mesta Šuša. V meste je katedrála postavená v 19. storočí, ktorá bola opustená v roku 1920 po genocíde obyvateľstva. V časoch Sovietskeho zväzu sa z nej stal sklad obilia, potom sa z nej stala garáž a potom v azerbajdžanskej ére do roku 1990 vojenský sklad. Následne bola obnovená a vrátená na bohoslužby. 8. októbra katedrálu bombardovali azerbajdžanské sily, čo vyvolalo medzi arménskymi kresťanmi veľký rozruch. Azerbajdžanský prezident ubezpečil, že sa to stalo omylom v reakcii na neočakávaný útok nepriateľa.
Vláda v Baku vyhlasuje, že kultúrne a náboženské dedičstvo bude v zónach, ktoré spadajú pod priamu kontrolu azerbajdžanských úradovn, eporušené a zachované. Mnoho Arménov dúfa v intervenciu UNESCO a Európskej únie, ktorá by obklopila kostoly medzinárodnou starostlivosťou a poskytla im osobitné postavenie.