Pátra Swamyho zatkla Národná vyšetrovacia agentúra v Indii 8. októbra. Ako uvádza Sekretariát pre sociálnu spravodlivosť a ekológiu Spoločnosti Ježišovej, agentúra ho obvinila z jeho prepojenia na zakázané extrémistické skupiny Maoistov a Naxalitov. P. Swam je posledným zo 16 zatknutých ľuďí, vrátane známych ochrancov práv – Aruna Ferreiru a Sudhu Bharadwaja, oboch právnikov, Vernona Gonsalveza a Varavaru Raa, oboch spisovateľov. P. Stan Swamy SJ pôsobí posledných 15 rokov ako ochranca ľudských práv v Bagaiche v jezuitskom centre pre sociálne aktivity. Primárne spolupracoval s Adivasis (domorodé spoločenstvo) na ochrane a šírení ich práv zakotvených v Ústave Indie.
P. Swamy vyjadril svoju oddanosť Ústave Indickej republiky a je za presadzovanie pokojných prostriedkov na vyjadrenie disentu pri spochybňovaní akejkoľvek formy nespravodlivosti na obyvateľstve, páchanej zo strany štátu a polície. Páter Swamy neváhal vždy hovoriť pravdu vladnúcej moci a odhaľovať rozsiahle zneužívanie právomoci pomocou protiteroristických nariadení a zákonov proti vzburám, ako aj zaberanie pôdy bez náležitých konzultácií. Dôsledne tiež zdokumentoval a zverejnil nevýslovné utrpenie stoviek adivaských mladých ľudí, ktorí boli falošne zapletení a uväznení za uplatňovanie práv na ochranu vlastných zdrojov.
P. Swamy bol 9. októbra 2020 obvinený a prevezený do väzenia. Obvinený bol z Nezákonnej činnosti podľa Zákona z roku 1967, podľa ktorého je obvinenému odopretá kaucia. Dva dni pred zatknutím P. Swamy nahral video, ktoré malo byť zverejnené pre prípad zatknutia. „To, čo sa deje so mnou, nie je niečo ojedinelé, týkajúce sa iba mňa. Ide o širší proces, ktorý prebieha po celej krajine. Všetci si uvedomujeme, ako sú všetci významní intelektuáli, právnici, spisovatelia, básnici, aktivisti, študenti, vodcovia uväznení, pretože vyjadrili svoj nesúhlas, alebo vzniesli otázky o vládnucej moci v Indii. Sme súčasťou tohto procesu. Svojím spôsobom som šťastný, že môžem byť súčasťou tohto procesu. Nie som tichý divák, ale súčasť hry a som pripravený zaplatiť cenu, nech je to čokoľvek," napísal P. Swamy SJ.