Návštevnosť je vo všedný deň približne 2500 osôb. V piatok a sobotu stúpne na takmer 4000, čo predstavuje maximálny povolený počet podľa aktuálnych hygienických predpisov o dodržiavaní odstupu. Návštevy sa v súčasnosti povinne objednávajú online, so vstupom maximálne 100 ľudí v 15 minútovom intervale.
V prvej fáze od znovuotvorenia v júni navštívili Vatikánske múzeá najmä domáci Rimania. Postupne rástol aj podiel z iných talianskych miest a v posledných týždňoch prichádzajú aj návštevníci z niektorých ďalších krajín Európy.
Vatikánske múzeá sa s celkovým počtom návštevníkov takmer 7 miliónov ľudí v roku 2019 umiestnili na treťom mieste múzejnej návštevnosti vo svete: prvé bolo parížske múzeum Louvre s 10 miliónmi a po ňom Čínske národné múzeum so 7,4 miliónmi návštevníkov. Počtom návštevníkov sa Vatikánske múzeá približujú k návštevnosti Metropolitného múzea umenia v New Yorku.