Podľa pravoslávnych predstaviteľov rozhodnutie tureckej vlády pošliapáva akékoľvek štandardy harmónie medzi náboženstvami a vzájomnej úcty. Vyzvali preto všetky kresťanské cirkvi na protest v podobe vyzváňania na zvonoch kostolov a spusteniu zástav na pol žrde na znamenie smútku.
Pobúrenie tiež vyvolalo gesto prezidenta Erdogana, ktorý na dnešnú prvú moslimskú modlitbu pozval pápeža Františka. Existenciu oficiálneho pozvania potvrdil jeho hovorca pre spravodajstvo CNN.
Obavy vyvoláva v tejto súvislosti premeny baziliky na mešitu aj osud zachovaných kresťanských mozaik, ktoré boli v rámci úpravy priestoru zakryté.
Predseda biskupskej konferencie USA arcibiskup José Gomez uviedol, že Hagia Sophia bola znamením dobrej vôle a pokojného spolužitia kresťanov a moslimov a výrazom túžby ľudstva po jednote a láske. Podľa Edwarda Clancyho, riaditeľa Pápežskej nadácie Pomoc trpiacej cirkvi (Kirche in Not) v USA, bude mať strata tohto symbolu vzájomného mieru a úcty nepredvídateľné, ale väžne dôsledky.
Hagia Sophia bola postavená v roku 537 za vlády byzantského cisára Justiniána I. ako hlavný chrám konštantinopolského patriarchu. Po dobytí mesta osmanskými Turkami v roku 1453 bola premenená na mešitu. Pristavené boli minarety a kresťanské mozaiky boli zakryté. V roku 1934 sekulárna turecká vláda rozhodla o premene mešity na múzeum. V roku 1985 bola Hagia Sophia zapísaná na zoznam svetového dedičstva UNESCO.