Predsedom Cirkevnej konferencie Amazónie je kardinál Claudio Hummes, emeritný arcibiskup Sao Paola v Brazílii; jej podpredsedom sa stal Mons. David Martínez de Aguirre Giunea, apoštolský vikár Puerto Maldonada v Peru. Členmi výkonného výboru sú: Mons. Eugenio Coter, apoštolský vikár Panda v Bolívii - ako reprezentant biskupských konferencií Amazonskej oblasti, spolu s členmi predsedníctiev cirkevných regionálnych inštitúcií: CELAM (Rada biskupských konferencií Latinskej Ameriky a Karibiku), REPAM (Panamerická cirkevná sieť), CLAR (Latinskoamerická konfederácia rehoľníkov) a Charita Latinskej Ameriky a Karibiku. Medzi členmi výkonného výboru sú aj traja reprezentanti pôvodného obyvateľstva.