V homílii sa zameral na jeden aspekt života sv. Jána Pavla II., ktorý je práve v dnešnej dobe veľmi aktuálny. Myšlienku apoštola Pavla z Rim 5, 20 kazateľ parafrázoval do podoby „Kde sa rozmnožila bolesť, tam sa ešte väčšmi rozhojnila milosť“. Poukázal na rozličné bolestivé aspekty pápežovho života, ktoré ho sprevádzali od raného detstva do smrti; no tieto ho nikdy nezlomili, ale privádzali k stále väčšej dôvere v Božie milosrdenstvo a inšpirovali ho k nevšedným skutkom lásky voči všetkým, ktorým sa upiera ľudská dôstojnosť a nejakým spôsobom trpia. Toto posolstvo veľkého pápeža inšpiruje mnohých k nasledovaniu, ako to dokazujú napr. aj inštitúty rodiny, ktoré Ján Pavol II. zakladal po celom svete.
Po svätej omši sa v bazilike konalo spomienkové stretnutie spojené s premietaním krátkych filmov. Historickú návštevu sv. Jána Pavla II. v Trnave v septembri 2003, kedy sa Svätý Otec modlil pri milostivom obraze Trnavskej Panny Márie, pripomenulo video a dialóg dekana Stanislava Vojtka s bývalým primátorom Trnavy Štefanom Bošnákom, ktorý sa s veľkým nasadením zaslúžil o to, aby Svätý Otec vôbec do Trnavy prišiel. Odvtedy sa každoročne 18. mája koná ďakovné stretnutie pri soche sv. Jána Pavla II. pred trnavskou katedrálou.
Modlitba k sv. Jánovi Pavlovi a kňazské požehnanie ukončilo spomienku na svätca, ktorý miloval Slovensko a ktorého aj Slováci dodnes milujú.