Za prvého apoštolského exarchu bol menovaný vladyka Milan Chautur CSsR, dovtedajší pomocný biskup Prešovskej eparchie. Svoj úrad prevzal 2. marca 1997. Farský chrám Narodenia presvätej Bohorodičky v Košiciach bol pri vzniku Košického exarchátu povýšený na katedrálu.
Pápež Benedikt XVI. povýšil 30. januára 2008 Košický apoštolský exarchát na eparchiu (diecézu) a začlenil ju do novovzniknutej slovenskej gréckokatolíckej metropolitnej cirkvi sui iuris.
V súčasnosti je Košická eparchia spoločenstvom okolo 80 tisíc gréckokatolíkov žijúcich v 95 farnostiach, 7 protopresbyterátoch (dekanátoch), 17 mestách, 440 obciach, o ktorých sa stará celkom 174 kňazov, z ktorých sú 14 rehoľníci a 3 mnísi. Na území eparchie pôsobí v niekoľkých rehoľných domoch aj 35 rehoľných sestier. Na kňazstvo sa pripravuje 26 seminaristov. Bohoslužobný život sa uskutočňuje v 158 chrámoch a niekoľkých farských, školských, nemocničných a iných kaplnkách. V zriaďovateľskej pôsobnosti Košickej eparchie je 14 škôl a školských zariadení. Patrónmi eparchie sú slovanskí apoštolom rovní sv. Cyril a Metod.
Eparchiálnym (sídelným) biskupom Košickej eparchie je v súčasnosti vladyka Milan Chautur CSsR. Od 20. januára 2020 je apoštolským administrátorom sede plena, vladyka Cyril Vasiľ SJ, titulárny arcibiskup Ptolemaidy v Líbyi a bývalý sekretár Kongregácie pre Východné cirkvi v Ríme.
Po dvadsiatich troch rokoch kontinuálneho vývoja pod ochranou sv. Cyrila a Metoda, je v súčasnosti Košická eparchia integrálnou a stabilnou súčasťou cirkevno-spoločenského života na Slovensku s kompletne vybudovanými pastoračnými a administratívnymi štruktúrami.
V roku 2020 je v Košickej eparchii Jubilejným rokom 350. výročia slzenia ikony Presvätej Bohorodičky v Klokočove a spolu s cyrilometodskou úctou tak upriamuje pozornosť aj na mariánsky kult, ktorý tvorí neodmysliteľnú časť charakteristiky byzantsko-slovanskej tradície a duchovnosti.
Foto: archív Košickej eparchie