Kaplnku sv. Jána Almužníka v Katedrále sv. Martina postavili v tridsiatych rokoch 18. storočia. Jej epicentrom je bohostánok. Relikvia sv. Jána Almužníka je umiestnená v ozdobnej – presklenej rakve. Okrem toho, že kaplnka slúži na adorácie, je aj pohrebnou kaplnkou. Pod ňou sa totiž nachádzajú štyri rakvy arcibiskupov, ktorí tu pôsobili v 18. storočí. Jeden z nich – arcibiskup Imrich Esterházy bol veľkým ctiteľom sv. Jána Almužníka. Časť z relikvie v minulosti bola odovzdaná napríklad zástupcom pravoslávnej cirkvi z Cypru, Grécka, Ukrajiny či Rakúska.
Svätý Ján Almužník sa narodil na Cypre, v roku 608 sa stal biskupom v Alexandrii, kde vynikol svojou dobročinnosťou voči chudobným. Jeho telesné pozostatky boli najprv uložené v Alexandrii, no po dobytí Carihradu ich turecký vládca daroval uhorskému kráľovi Matejovi Korvínovi. Po porážke pri Moháči previezli telo svätca z Budína do Bratislavy, kde mu začiatkom 18. storočia jeho veľký ctiteľ, arcibiskup Imrich Esterházy, nechal postaviť osobitnú kaplnku. Ján Almužník je svätec nerozdelenej Cirkvi, ktorý sa prosí o orodovanie za jednotu kresťanov.