V pondelok ráno pápež mimo oficiálneho programu prijal zástupcov japonskej pobočky pápežskej nadácie Škôl dialógu (Scholas Occurentes). Prvým hlavným momentom dňa bolo dojímavé stretnutie s obeťami trojnásobnej živelnej pohromy z roku 2011, ktorou bolo cunami, zemetrasenie a havária vo Fukušime.
Srdečnosťou a eleganciou sa vyznačovala návšteva u cisára Naruhita v jeho sídle. Cisár, ktorý nastúpil na trón v máji tohto roku, čakal pápeža osobne pred vstupom do budovy a po súkromnom rozhovore hosťa odprevadil až k autu, čo v Japonsku znamená nezvyčajnú poctu.
V Katedrále Nepoškvrnenej Panny Márie pápeža Františka medzi sebou privítali japonskí mladí. So svedectvami sa podelili nielen katolíci, ale aj budhista a filipínsky imigrant. Svätý Otec sa dotkol viacerých citlivých tém pre mladých v Japonsku, okrem iného aj šikanovania.
Popoludní slávil Svätý Otec omšu za dar ľudského života v tzv. „Tokijskom dóme“ (Tokyo Dome), čo je krytý štadión s 50-tisícovou kapacitou. V závere dňa sa v priestoroch vládneho komplexu Kantei stretol s japonským predsedom vlády Shinzoom Abem a prihovoril sa zhromaždeniu verejných predstaviteľov krajiny a diplomatického zboru.
Program pápeža Františka v Japonsku s mottom „Chráň každý život“ sa uzavrie v utorok ráno, keď navštívi univerzitu Sophia vedenú jezuitmi.