Obnova kaplnky sa začala v roku 2011. Zostáva ešte reštaurátorským spôsobom obnoviť časť plášťa kaplnky. Obnovuje sa však aj celý jej exteriér. Plášť kaplnky je značne deštruovaný a mnohé kamenné prvky je potrebné nanovo vysekať do kameňa.
Výstavba Kaplnky Zápoľskovcov začala koncom 15. storočia, kedy sa spišský župan a uhorský palatín Štefan Zápoľský rozhodol pristavať k už existujúcemu Chrámu sv. Martina pohrebnú kaplnku. Stavba bola ukončená najneskôr v roku 1499, pretože už vtedy v nej bol pochovaný Štefan Zápoľský. Rok predtým bol zhotovený Oltár Korunovania Panny Márie, ktorý je dnes najcennejším gotickým krídlovým oltárom katedrály. Vitrážové výplne okien boli zhotovené v rokoch 1872-1873 v Innsbrucku. Dolné časti vitráží znázorňujú výjavy zo Starého zákona a v horných častiach sú výjavy z Nového zákona.
"Obnova kaplnky by nebola možná bez štedrej finančnej pomoci. Od začiatku obnovy pomohlo biskupstvu sumou 278 000 € Ministerstvo kultúry SR cez dotačný program Obnovme si svoj dom a už tretí krát obnovu podporila aj Nadácia VÚB, spolu vo výške 250 000 €," informoval TK KBS Ľubomír Štefaňák.