Václav Kolaja vyštudoval históriu na Filozofickej fakulte Karlovej univerzity v Prahe. Po štúdiách nastúpil na Ministerstvo zahraničných vecí a pôsobil v diplomatickom protokole, odkiaľ sa premiestnil do odboru politických vzťahov s EÚ. Má skúsenosti zo zastupiteľských úradov v Londýne, Bruseli a Washingtone. Pracoval na poste koordinátora kybernetickej bezpečnosti na Ministerstve zahraničných vecí. Od 1. júna 2016 bol námestníkom ministra zahraničných vecí.