P. Emil Krapka SJ sa narodil 17. júla 1925 v Hornom Dubovom pri Trnave. Základné vzdelanie získal v rodnej obci. Prvých päť ročníkov gymnázia absolvoval v Trnave. 30. júla 1942 vstúpil v Ružomberku do noviciátu jezuitskej rehole. Po dvoch rokoch noviciátu pokračoval v gymnaziálnych štúdiách, pre vojnové pomery však maturoval v roku 1946 v Piešťanoch.
Filozofiu študoval na Filozofickom inštitúte Českej provincie Spoločnosti Ježišovej v Brne a v Děčíne. Toto štúdium ukončil licenciátnou prácou Východisko logiky G. F. Hegela. V roku 1949 začal študovať teológiu na Teologickom inštitúte Slovenskej viceprovincie Spoločnosti Ježišovej v Trnave. Inštitút bol založený v roku 1941 v Banskej Bystrici, no pre vojnové udalosti sa o niekoľko rokov musel presťahovať do Ružomberka a napokon do pokojnejšej Trnavy. Tam zastihla Inštitút i nadaného študenta teológie v noci z 13. na 14. apríla 1950 násilná likvidácia kláštorov. Bol internovaný v Jasove a v Podolínci, v septembri 1950 bol zaradený do vojenských táborov nútených prác – PTP (pomocné technické prápory). Hoci vyšší predstavení boli internovaní osobitne, predsa urobili dôležité rozhodnutie pokračovať v rehoľnom živote, nakoľko je to za daných okolností možné. Krapka teda spolu s ďalšími tajne pokračoval v štúdiu teológie a 23. decembra 1950 ho v Rožňave biskup Róbert Pobožný tajne vysvätil za kňaza. V roku 1953 bol prepustený do občianskeho života.
Rehoľné inštitúcie boli administratívne zrušené, preto si musel nájsť zamestnanie. Rok pracoval na vojenských stavbách, potom v knižnici Slovenskej akadémie vied v Bratislave. Po štyroch rokoch ho pri ideologickej previerke prepustili a znovu pracoval ako stavebný robotník. V roku 1960 bol však uväznený a spolu s ďalšími štyrmi jezuitmi, na čele s biskupom (neskôr kardinálom) Jánom Chryzostomom Korcom, odsúdený za tajné štúdium teológie. V rozsudku sa uvádza dôvod: „Ján Korec ... po dohode s tajným provinciálom jezuitov na Slovensku, odsúdeným Matejom Markom, bol tajne vysvätený za biskupa. Ako tajný biskup ... usmerňoval príslušníkov rehole jezuitov ... v tajnom štúdiu filozofie, resp. teológie, dával im tzv. literatúru, udržoval ich v udržiavaní rehoľných zásad... Emil Krapka ako tajne vysvätený jezuitský kňaz od roku 1950 až do ich zatknutia v roku 1960 v Bratislave a inde ... na dohovorených i náhodných ilegálnych stretnutiach sa vzájomne utvrdzovali k dodržiavaniu rehoľných zásad a tak k udržovaniu rehole jezuitov v ilegalite.“ Po odsúdení pracoval niekoľko mesiacov v bani „Tmavý důl“ v severovýchodných Čechách, odkiaľ bol eskortovaný do väznice vo Valdiciach pri Jičíne, kde pracoval v brúsiarni skla. Tu boli väznení viacerí českí a slovenskí biskupi a stovky kňazov a rehoľníkov. Medzi väzňami dostala časť väznice pomenovanie „Vatikán“, pretože mnohí boli odsúdení a väznení ako „vatikánski špióni“. Z väzenia bol podmienečne prepustený 9. mája 1962. Po prepustení pracoval ako robotník na stavbách v Trnave a v roku 1965 sa mohol zamestnať ako organista na Rímskokatolíckom farskom úrade v Modre. Tu mal aj viac času na štúdium, prekladateľskú prácu i vlastnú teologickú tvorbu.
No napriek tomu, ako uvádza kardinál Korec v treťom zväzku knihy svojho svedectva Od barbarskej noci, že mužské rehole žili po roku 1950 rozptýlené v civile, pokračovali vo svojom živote. Rehole si zakladali svoje tajné noviciáty a študijné strediská. Touto cestou kráčali väčšinou saleziáni, jezuiti, kapucíni, lazaristi, piaristi, františkáni a ďalší. Jezuiti mali štúdium organizované na veľkej výške a viedol ich v ňom najmä Emil Krapka, ktorý svoju teologickú reflexiu predstavil v diele Mysterium Verbi. Jezuiti pod jeho vedením vydali sériu samizdatových teologických zborníkov Verbum fidei, ktoré mali oživujúci vplyv na teologické myslenie na Slovensku.
V roku 1969 bol rehabilitovaný a mohol začať pôsobiť v pastorácii v jezuitskom kostole v Trnave ako výpomocný duchovný bez nároku na mzdu, vykonával však aj prácu organistu, za ktorú dostával minimálnu mzdu. Ako organista založil mládežnícky spevácky zbor, ktorý si neskôr zvolil meno „Ježi“; po piatich rokoch sa z neho vyčlenil takzvaný veľký zbor, ktorý pod vedením P. Krapku nacvičil klasické cirkevné zborové skladby. Neskôr sa pomenoval „Cantica sacra Tyrnaviae“. P. Krapka si postupne zo zborov vychoval spolupracovníkov, ktorí mohli od roku 1980 viesť obidva zbory samostatne. Zbory pôsobia pri kostole jezuitov dodnes.
V rokoch 1969 – 1989 viedol tajne účinkujúci Teologický Inštitút Spoločnosti Ježišovej na Slovensku. Vyučoval filozofiu a systematickú teológiu. Podľa požiadaviek Druhého vatikánskeho koncilu vytvoril obnovený program štúdia teológie a filozofie a zorganizoval ho vo forme externého štúdia po sobotách s pravidelnými prednáškami, konzultáciami, seminárnymi prácami, skúškami, aj komisionálnymi a súhrnnými skúškami. Po obnovení náboženskej slobody a po oficiálnom obnovení činnosti reholí v rokoch 1991 – 1997 pôsobil ako rektor Teologického inštitútu sv. Alojza v Bratislave. Pripravil jeho transformáciu na Teologickú fakultu Trnavskej univerzity v roku 1997. Istý čas vyučoval dogmatickú teológiu aj na Rímskokatolíckej cyrilometodskej bohosloveckej fakulte Univerzity Komenského v Bratislave. V roku 1992 mu Pápežská teologická fakulta, sekcia Bobolanum, vo Varšave udelila čestný doktorát.
V roku 1997 sa stal sóciom, najbližším spolupracovníkom provinciála Spoločnosti Ježišovej na Slovensku. V tejto službe pôsobil až do roku 2005, keď odišiel na zaslúžený odpočinok. Popri tejto práci aj naďalej vypomáhal na Teologickej fakulte vyučovaním dogmatickej teológie.
Neúnavne publikoval v časoch náboženskej neslobody i potom. Publikoval 32 samizdatových kníh, jednu knihu v zahraničí, 25 štúdií v samizdatových teologických časopisoch, v oficiálnych vydavateľstvách doma a v zahraničí ďalších 17 knižných publikácií a desiatky teologických štúdií a odborných popularizačných článkov. Preložil viacero teologických monografií a organizoval vedeckú prácu skupiny teológov. Ovocím tejto práce je niekoľko edícií.
Edícia Svedkovia viery (v redakčnej spolupráci s P. Vojtechom Mikulom SJ a P. Michalom Fedorom SJ) obsahuje sedem zväzkov životopisov a medailónov jezuitov pochádzajúcich z územia Slovenska alebo pôsobiacich na jeho území.
Edícia Sub crucis vexillo (pod zástavou kríža) obsahuje osemnásť zväzkov dokumentov, listov generálnych predstavených a štúdií o rehoľnom živote v Spoločnosti Ježišovej v procese jeho obnovy po Druhom vatikánskom koncile, na ktorej redakčne spolupracoval c P. Vojtechom Mikulom SJ.
Teologický zborník Verbum fidei, v ktorom sa publikovali teologické štúdiu učiteľova študentov tajne pôsobiaceho Teologického inštitútu sv. Alojza, mal sedem zväzkov. Šesť zväzkov tejto série vyšlo po roku 1989 oficiálne tlačou.
Ďalším významným dielom spolupráce P. Krapku so spolubratmi jezuitmi i katolíckymi historikmi prof. PhDr. Jozefom Šimončičom, CSc., doc. PhDr. Ivanom Chalupeckým, PhDr. Jánom Dubovským, PhDr. Vendelínom Jankovičom, CSc., prof. PhDr. Štefanom Šmálikom a Dr. h. c. Hadriánom Radvánim boli Dejiny Spoločnosti Ježišovej na Slovensku. Najprv bola táto monografia publikovaná na Slovensku ako samizdat a neskôr, v roku 1990, vo vydavateľstve Dobrá kniha v Kanade.
Sám alebo spolu s inými preložil viacero dôležitých teologických diel: Slovník biblickej teológie Xaviera Léona-Dufoura; Missarum solemnia – genetický výklad rímskej omše od J. A. Jungmanna; Modlitby života Karla Rahnera a výber úvah z diela toho istého autora pod názvom Kresťan v dnešnom svete, ktoré po roku 1990 vyšli vo vydavateľstve Dobrá kniha v Trnave.
Je autorom viacerých teologických monografií. Uvedieme aspoň najdôležitejšie Mysterium Verbi : Teológia ako stretnutie s Bohom v Slove. Bratislava 1997; Tajomstvá vätej omša. Trnava 1998; Mysteria Regni Dei : Tajomstvá Božieho kráľovstva nazerané v Duchovných cvičeniach svätého Ignáca. Trnava 1999; Teológia pred Božou tvárou : Meditácie. Trnava 2000. Okrem toho vydal šesť učebných textov a tri zväzky homílií na nedele a sviatky. Jeho teologickú tvorivosť možno sledovať v desiatkach štúdií a článkov v samizdatových i verejných vedeckých a odborných časopisoch a zborníkoch.
Možno povedať, že hlavnou náplňou života Emila Krapku bola teológia. Teológiu dlhé roky usilovne študoval a desiatky rokov aj vyučoval vo vrcholne nepriaznivých vonkajších okolnostiach, takmer bez pomôcok, na zrúcaninách cirkevných inštitúcií, uprostred rušného života, popri rozličných prácach a v tieni všadeprítomnej štátnej polície, ktorá ho, ako uvádzajú registračné protokoly zväzkov Štb, sledovala minimálne od konca päťdesiatych rokov do roku 1983. Krapka nechápal teológiu iba ako teóriu, vedu, myšlienkovú sústavu, ale ako sám hovorí vo svojom diele Teológia pred Božou tvárou: „Isteže, teológia je poznávaním, je vedou, ale svätou vedou: je účasťou na Ježišovej vedomosti, ktorá je večným obrazom vedomosti Otcovej. Preto pravá kresťanská teológia nielen poučuje, ale i očisťuje a posväcuje.“ Osobitne to možno vidieť aj v jeho teologickej štúdii Úvahy o situácii našej Cirkvi, ktorú napísal v hlbokej totalite a kolovala v samizdatovej forme medzi tajnými rehoľníkmi a kňazmi vo verejnej pastorácii a v roku 1993 bola publikovaná v Teologických textoch v Prahe. Preto je celkom pochopiteľná aj jeho teologická reflexia Duchovných cvičení svätého Ignáca.
Popri svojej práci teológa a vysokoškolského učiteľa sa Krapka prejavil aj ako skvelý organizátor vedeckého a akademického života. Zorganizoval a odborne garantoval viaceré tajné teologické semináre orientované na problém ateizmu, na rehoľné a kánonické právo, na obnovu kňazstva a podobne, ktoré mali neskôr pokračovanie v sympóziách a konferenciách na teologickom inštitúte a neskôr i na fakulte. Osobitným prínosom bol obnovený program cirkevných štúdií pre tajných kandidátov kňazstva s príslušnou literatúrou a definovaním základných tém z filozofie a teológie (upravené podľa knihy: Emil Krapka SJ, Súborné dielo, Prechod Pánov, Teológia I).
TK KBS informoval P. Jozef Šofranko SJ