Po kňazskej vysviacke pôsobil novokňaz o. Peter Rusnák v rôznych farnostiach, najprv ako kaplán a neskôr ako farár (Kapišová, Prešov, Vranov nad Topľou-Čemerné, Petrová, Bardejov). V rokoch 1990-1993 pôsobil ako špirituál v gréckokatolíckom seminári v Prešove a dlhé roky tiež prednášal homiletiku a pastorálnu teológiu na gréckokatolíckej bohosloveckej fakulte v Prešove. V rokoch 1995-1998 pôsobil ako biskupský vikár a kancelár eparchiálnej kúrie v Prešove za biskupa Jána Hirku. V roku 2003 ho novoustanovený prešovský biskup Ján Babjak vymenoval za farára a dekana v Bratislave a poveril ho pastoráciou v diaspóre na západnom Slovensku. Pri územnej reorganizácii Gréckokatolíckej cirkvi a zriadení bratislavskej eparchie ho Svätý Otec Benedikt XVI. vymenoval za prvého bratislavského eparchu (30. januára 2008). Biskupskú vysviacku prijal 16. februára 2008 v Prešove (hlavným svätiteľom bol kardinál J. Tomko) a do úradu bratislavského eparchu, v ktorom pôsobí doteraz, bol uvedený 9. marca 2008. Biskup Rusnák je členom Rady hierarchov a Konferencie biskupov Slovenska, v rámci ktorej vedie Sociálnu subkomisiu, Radu Iustitia et Pax a Radu pre laické a apoštolské hnutia. Od roku 2012 tiež prednáša homiletiku na Teologickej fakulte Trnavskej univerzity.